宇宙の分子水素化ヘリウムからアミノ酸まで

宇宙で最初にできた分子は?このページでは、ゲームの分子の項目と、その背景にある発見や起源を扱う。

宇宙で最初にできた分子は、水素化ヘリウムイオン(HeH⁺)でした。見つかったのは2019年、惑星状星雲のなかで、やっとでした。そこから宇宙は、水素分子、水、アンモニア、アミノ酸、核酸塩基、そして最後にDNAとタンパク質を作っていきました。ゲームには、70を超える分子と鉱物が入っています。このページでは、特に話の面白い数十個を選び、宇宙空間の分子、岩石と鉱物、生命の部品、生命の大きな分子の4グループに分けます。

宇宙空間の分子

分子豆知識
水素化ヘリウムイオン(HeH⁺)宇宙で最初にできた分子です。2019年に、惑星状星雲で初めて検出されました。
水素分子(H₂)宇宙で最も多い分子です。最初の星ができる前、ガスは熱を放射して縮むために、これを必要としました。
ヒドロキシル(OH)1963年に、電波望遠鏡が星間空間で初めて検出した分子です。
一酸化炭素(CO)分子雲で2番目に多い分子です。電波天文学者は、これで目に見えない水素分子の雲の地図を描きます。
アンモニア(NH₃)1968年に検出され、星間空間で見つかった最初の多原子分子です。
ホルムアルデヒド(H₂CO)1969年に検出され、星間空間で最初の有機多原子分子でした。
多環芳香族炭化水素(PAH)星間空間で最もありふれた大きな分子の1つで、宇宙の炭素のかなりの割合を抱え込んでいると考えられています。
フラーレン(C₆₀)2010年に惑星状星雲で見つかりました。知られている星間分子のなかで最も大きいものの1つです。
グリコールアルデヒド最も単純な糖の分子の1つです。天の川銀河の中心近くのガス雲で見つかりました。

水は、星間の氷の粒、彗星、惑星を作る円盤にたくさんあり、地球の水の一部は小惑星から来たのかもしれません。シアン化水素は猛毒ですが、生命が始まるとき、核酸塩基とアミノ酸を作る重要な原料だったかもしれません。タイタンには、メタンでできた湖と雨があります。

岩石と鉱物

  • ケイ酸塩の塵:星間塵の主成分で、のちに固まって岩石惑星になりました。
  • かんらん石:上部マントルの主な鉱物です。その結晶は、彗星の塵からも見つかります。
  • 石英:大陸地殻を代表する鉱物で、砂の主成分です。
  • ジルコン:きわめて丈夫です。オーストラリアのジルコンは、44億年前の地球に液体の水があったかもしれないことを示しています。
  • ダイヤモンド:炭素原子が四面体状に密に詰まっていて、天然で最も硬い物質です。一部の隕石には、太陽系より古いナノダイヤモンドが入っています。
  • 方解石:石灰岩や多くの貝殻の材料です。三葉虫の目は、方解石の結晶でした。
  • 磁鉄鉱:天然鉱物で最も磁性が強い鉱物です。一部の細菌や渡り鳥は、その小さな結晶を持っています。
  • 粘土鉱物:粘土の表面が、初期のRNA断片が並んでつながるのを助けたのかもしれません。
  • 黄鉄鉱:「愚者の金」と呼ばれます。生命の起源の仮説の1つでは、最初の代謝反応は硫化鉄の表面で起きたとされています。

生命の部品

アミノ酸、核酸塩基、糖、脂肪酸は、生命の大きな分子の基本の部品です。

  • グリシン:最も単純なアミノ酸です。ロゼッタ探査機は、チュリュモフ・ゲラシメンコ彗星(67P)でも検出しました。
  • アデニン:DNAとRNAの核酸塩基の1つです。シアン化水素5分子から組み立てられます。
  • リボース:RNAの糖の骨格です。ホルムアルデヒドが鉱物の表面で重合すると、できることがあります。
  • 脂肪酸:水に入れると、自然に二重層の小胞を作ります。最初の細胞膜だったのかもしれません。
  • ホルムアミド:鉱物の触媒の上で熱すると、4種類すべての核酸塩基と、多くのアミノ酸の前駆体ができます。
  • 尿素:1828年、フリードリヒ・ヴェーラーが無機物から尿素を作り、有機化合物が生き物から来なくてもよいことを初めて証明しました。

これらの部品は、実験と隕石の両方に裏づけがあります。ある大学院生が、水、メタン、アンモニア、水素をフラスコに封じて火花を飛ばし、タンパク質を作るアミノ酸を得ました(Miller、Science 1953)。マーチソン隕石からは、地球外由来のアミノ酸が見つかり、生命の原料は宇宙にありふれているのかもしれません(Kvenvoldenほか、Nature 1970)。別のチームは、原始的な条件のもとでRNAの部品を直接組み立てる、より「自然な」化学の道筋を見つけました(Powner、Gerland & Sutherland、Nature 2009)。

生命の大きな分子

  • RNA:情報を蓄えることも、反応を触媒することもできる分子で、RNAワールド仮説の主役です。
  • リボザイム:触媒の力を持つRNAです。トーマス・チェックとシドニー・アルトマンは、その発見で1989年のノーベル化学賞を受けました。
  • DNA:RNAより安定した遺伝の分子です。細胞をもつ生物はすべて、遺伝子を蓄えるのにこれを使います。
  • デオキシリボース:リボースより酸素原子が1つ少なく、そのおかげでDNAはRNAよりずっと安定します。
  • ATP:細胞のエネルギー通貨です。人間の体が1日に作って壊すATPの総量は、自分の体重に近づきます。
  • tRNA:クローバーの葉の形をした小さなRNAです。一方の端でコドンを読み、もう一方の端でアミノ酸を運ぶので、遺伝暗号の「通訳」にあたります。
  • 遺伝暗号:3文字のコドン64個が、20種類のアミノ酸と終止信号を表します。ほぼすべての生物が、同じ暗号を共有しています。
  • タンパク質:配列からタンパク質の構造を予測するのは半世紀の難問で、2020年にAlphaFoldがおおむね解きました。
  • 酵素:生物の触媒です。酵素なしだと数千万年かかる反応が、酵素があればミリ秒で済むものもあります。

鉄硫黄クラスターの構造は、温泉の硫化鉄鉱物に似ていて、生命は海底の噴出孔で始まったという考えを支えています。深海の噴出孔のまわりの生態系は、日光なしで生きていて、生命の起源に新しい候補地をもたらしました(Corlissほか、Science 1979)。

アミノ酸の名前にまつわる話

  • アスパラギン:1806年にアスパラガスの汁から分離された、人類が初めて見つけたアミノ酸です。
  • セリン:名前は絹(ラテン語のsericum)に由来します。絹のタンパク質から最初に分離されました。
  • チロシン:チーズから最初に分離され、名前はギリシャ語の「チーズ」に由来します。
  • グアニン:鳥の糞(グアノ)から最初に分離されたので、この名前になりました。
  • トレオニン:1935年まで見つからなかった、20種類の標準アミノ酸のうち最後に見つかったものです。
  • フェニルアラニン:1961年、マーシャル・ニーレンバーグがUだけのRNAからフェニルアラニンの鎖を作り、最初のコドンUUUを解読しました。

検索してみてほしい論文

  • Miller(1953):"A production of amino acids under possible primitive earth conditions"
  • Kvenvoldenほか(1970):"Evidence for extraterrestrial amino-acids and hydrocarbons in the Murchison meteorite"
  • Pownerほか(2009):"Synthesis of activated pyrimidine ribonucleotides in prebiotically plausible conditions"
  • Corlissほか(1979):"Submarine thermal springs on the Galápagos Rift"

実際の根拠

  • 水素化ヘリウムイオン(HeH⁺):宇宙で最初にできた分子。初めて検出されたのは2019年で、惑星状星雲でのこと。

  • 水素分子(H₂):宇宙で最も多い分子。最初の星が生まれる前、ガスが熱を放射して収縮するために、これが必要だった。

  • ヒドロキシル(OH):1963年に電波望遠鏡で星間空間から初めて検出された分子。

  • 一酸化炭素(CO):分子雲で2番目に多い分子。電波天文学者は、これを使って目に見えない分子水素の雲の地図を作る。

  • 水(H₂O):星間の氷の粒、彗星、惑星の円盤に豊富にある。地球の水の一部は小惑星から来たのかもしれない。

  • アンモニア(NH₃):1968年に検出された、星間空間で初めて見つかった多原子分子。

  • メタン(CH₄):タイタンには、メタンでできた湖と雨がある。

  • ケイ酸塩の塵(SiO₄):星間塵の主成分。のちに固まって岩石惑星になった。

  • シアン化水素(HCN):猛毒だが、生命が始まるころの核酸塩基やアミノ酸の重要な原料だった可能性がある。

  • ホルムアルデヒド(H₂CO):1969年に検出された、星間で初めて見つかった有機の多原子分子。

  • 多環芳香族炭化水素(PAH):星間空間で最も多い大きな分子の1つ。宇宙の炭素のかなりの割合を閉じ込めていると考えられている。

  • フラーレン(C₆₀):2010年に惑星状星雲で発見された。知られている星間分子のなかでも最大級。

  • グリコールアルデヒド(C₂H₄O₂):最も単純な糖分子の1つ。天の川銀河の中心近くのガス雲で見つかった。

  • カンラン石((Mg,Fe)₂SiO₄):上部マントルの主な鉱物。その結晶は彗星の塵にも見つかる。

  • 輝石((Mg,Ca)SiO₃):玄武岩や月の岩石によくある鉱物。

  • 磁鉄鉱(Fe₃O₄):天然鉱物で最も磁性が強い。一部の細菌や渡り鳥も、その微小な結晶を持っている。

  • 石英(SiO₂):大陸地殻の代表的な鉱物で、砂の主成分。

  • 長石(KAlSi₃O₈):地殻で最も多い鉱物のグループ。

  • ジルコン(ZrSiO₄):非常に頑丈。オーストラリアのジルコンは、44億年前の地球にすでに液体の水があったかもしれないことを示す。

  • ダイヤモンド(C):炭素原子が正四面体の形でぎっしり詰まった、自然界で最も硬い物質。一部の隕石には、太陽系より古いナノダイヤモンドが隠れている。

  • 粘土鉱物(Al₂Si₂O₅(OH)₄):粘土の表面が、初期のRNAの断片が並んでつながるのを助けたのかもしれない。

  • 方解石(CaCO₃):石灰岩や多くの貝殻の成分。三葉虫の目は方解石の結晶だった。

  • アパタイト(Ca₅(PO₄)₃):歯のエナメル質と骨の主な無機成分。

  • 黄鉄鉱(FeS₂):「愚者の金」とあだ名される。生命の起源の仮説の一つは、最初の代謝反応が硫化鉄の表面で起きたと考える。

  • グリシン(C₂H₅NO₂):最も単純なアミノ酸。ロゼッタ探査機は67P彗星でも検出した。

  • アデニン(C₅H₅N₅):DNAとRNAの核酸塩基の1つ。シアン化水素5分子から組み立てられる。

  • リボース(C₅H₁₀O₅):RNAの糖の骨格。ホルムアルデヒドが鉱物の表面で重合すると生じることがある。

  • ヌクレオチド(NMP):核酸の基本単位。塩基、リボース、リン酸が結びついたもの。

  • 脂肪酸(RCOOH):水に入れると自然に二重層の小胞を作る。最初の細胞膜だったかもしれない。

  • RNA:情報の保存と反応の触媒を両方こなせる分子。RNAワールド仮説の主役。

  • ATP:細胞のエネルギー通貨。人間の体が1日に作って分解するATPの総量は、体重とほぼ同じ。

  • DNA:RNAより安定した遺伝分子。細胞をもつすべての生物が、遺伝子を保存するのに使う。

  • クロロフィル(C₅₅H₇₂MgN₄O₅):赤と青の光を吸収して緑を反射する。中心にマグネシウム原子が1つある。

  • ヘモグロビン(Hb):鉄原子の上に酸素を運ぶ。血が赤いのはそのため。

  • ホルムアミド(HCONH₂):ホルムアミドを鉱物の触媒の上で加熱すると、4種類の核酸塩基と、多くのアミノ酸の前駆体が一度に得られる。

  • 尿素(CO(NH₂)₂):1828年にヴェーラーが無機物から尿素を合成した。有機化合物が生き物から来るとは限らないことの最初の証明。

  • アラニン(Ala):1953年のミラー・ユーリーの実験で最も収量が多かったアミノ酸の1つ。マーチソン隕石にも含まれる。

  • アスパラギン酸(Asp):ミラー・ユーリーの実験にも隕石にも見つかる。ほかの多くのアミノ酸を作る出発点でもある。

  • セリン(Ser):名前は絹(ラテン語の「sericum」)に由来する。絹のタンパク質であるセリシンから初めて単離された。

  • グルタミン酸(Glu):うま味調味料の主成分はグルタミン酸ナトリウムで、食べ物に「うま味」を与える。

  • バリン(Val):鎌状赤血球貧血は、ヘモグロビンのグルタミン酸1個がバリンに置き換わって起こる。

  • グアニン(G):鳥の糞(グアノ)から初めて単離され、名前はそれに由来する。

  • シトシン(C):グアニンと3本の水素結合を作り、塩基対のなかで最も強い。

  • ウラシル(U):RNAだけにある塩基。シトシンはアミノ基を失うとウラシルになる。ウラシルはマーチソン隕石からも検出されている。

  • ロイシン(Leu):タンパク質に最も多く含まれるアミノ酸の1つ。人間の体では作れない。

  • イソロイシン(Ile):ロイシンとまったく同じ原子でできていて、並び方だけが違う。二つは異性体。

  • プロリン(Pro):側鎖が主鎖に戻って結びつくので、タンパク質の鎖の中で「折れ曲がり」の役を果たす。コラーゲンは特に多く含む。

  • トレオニン(Thr):発見は1935年と遅く、20種類の標準アミノ酸のなかで最後に見つかった。

  • ホモキラリティ(L / D):生命は左手型のアミノ酸と右手型の糖だけを使う。マーチソン隕石には左手型のアミノ酸がわずかに多く、この偏りが宇宙から来た可能性を示唆している。

  • リン脂質(PL):一端は水になじみ、もう一端は水をはじくので、自然に二重の層に並ぶ。今の細胞膜はどれもこれでできている。

  • 鉄・硫黄クラスター(Fe–S):最も古いタンパク質補因子の一つ。構造が温泉の硫化鉄鉱物によく似ていて、生命が深海の熱水噴出孔で始まったという仮説を支持する。

  • リボザイム(RNA*):触媒の能力をもつRNA。チェックとアルトマンは、その発見で1989年のノーベル化学賞を受けた。

  • ペプチド(Gly-Ala):アミノ酸が水を失って結びついた短い鎖。温泉の池のほとりで濡れたり乾いたりを繰り返すと、アミノ酸は自然につながることがある。

  • tRNA:クローバー形の小さなRNA。一端でコドンを見分け、もう一端でアミノ酸を運ぶ、遺伝暗号の「通訳」。

  • NAD⁺:電子を運ぶ補酵素。分子の中にヌクレオチドを丸ごと含み、RNAワールドの名残かもしれない。

  • 補酵素A(CoA):代謝の中心的な拠点で、脂肪酸の代謝にもクエン酸回路にも必要。

  • システイン(Cys):硫黄を含むアミノ酸。2つのシステインがジスルフィド結合を作れる。パーマをかけるとは、この結合を切って結び直すこと。

  • メチオニン(Met):ほぼすべてのタンパク質の最初のアミノ酸。開始コドンAUGが指定するのがこれ。

  • ヒスチジン(His):酵素の活性部位でよく見る「運び手」。プロトンを受け取ったり手放したりできる。

  • リシン(Lys):必須アミノ酸。穀物には少ないので、穀物だけで暮らすと不足しやすい。

  • アルギニン(Arg):体はこれを使って一酸化窒素を作り、血管をゆるめる助けにする。

  • アスパラギン(Asn):1806年にアスパラガスの汁から単離された、史上初めて発見されたアミノ酸。

  • グルタミン(Gln):血中に最も多いアミノ酸で、免疫細胞や腸の細胞にエネルギーを供給する。

  • リボソーム(rRNA):伝令RNAをタンパク質に翻訳する分子機械。触媒はタンパク質ではなくRNAなので、RNAワールドの生きた化石とみなされる。

  • 遺伝暗号(64→20):3文字のコドン64個が、20種類のアミノ酸と終止シグナルを表す。ほぼすべての生物が同じ暗号を共有している。

  • タンパク質:配列から構造を予測することは半世紀にわたる難問だったが、2020年にAlphaFoldがほぼ解決した。

  • フェニルアラニン(Phe):1961年にニーレンバーグは、Uだけを含むRNAでフェニルアラニンの連なりを合成し、最初のコドンUUUを解読した。

  • チロシン(Tyr):チーズから初めて単離され、名前はギリシャ語の「チーズ」に由来する。

  • トリプトファン(Trp):標準アミノ酸のなかで最大。体はこれを使ってセロトニンとメラトニンを作る。

  • チミン(T):ウラシルにメチル基がついたもの。DNAはウラシルの代わりにこれを使う。そのおかげで、シトシンの脱アミノでできた誤りを見つけて直しやすくなる。

  • デオキシリボース(C₅H₁₀O₄):リボースより酸素原子が1つ少ない。そのおかげで、DNAはRNAよりずっと安定している。

  • 酵素(E):生物の触媒。酵素がないと数千万年かかる反応も、酵素があればミリ秒で済む。

  • ブドウ糖(C₆H₁₂O₆):光合成の産物。人間の脳は、1日に約120 gのブドウ糖を使う。

  • セルロース((C₆H₁₀O₅)ₙ):地球で最も多い有機化合物。ブドウ糖が鎖状につながってできている。牛や羊は、消化するのに胃の中の微生物が要る。

  • コラーゲン(Col):動物で最も多いタンパク質で、細胞をくっつけて組織にする。多細胞動物の誕生は、これなしにはありえなかったかもしれない。

  • キチン((C₈H₁₃NO₅)ₙ):節足動物の外骨格や菌類の細胞壁の主成分。自然界で2番目に多い多糖。

  • リグニン:植物の茎を硬くして、高く伸びられるようにする。石炭紀の巨大な石炭層は、当時の菌類がまだこれを分解するのが得意でなかったことと関係しているのかもしれない。

関連する研究

これらの研究はこのトピックに関連しますが、このページの直接の証拠ではありません。

  • ミラー・ユーリーの実験:大学院生が水、メタン、アンモニア、水素をフラスコに封じて放電しつづけたところ、タンパク質を構成するアミノ酸ができた。

    出典:Miller, Science 1953, "A production of amino acids under possible primitive earth conditions"

  • 酵素なしのヌクレオチド:原始的な条件で、RNAの部品を直接つくる、より「自然な」化学的経路が見つかった。

    出典:Powner, Gerland & Sutherland, Nature 2009, "Synthesis of activated pyrimidine ribonucleotides in prebiotically plausible conditions"

  • 宇宙のアミノ酸:マーチソン隕石から、地球外起源のアミノ酸が見つかった。生命の原料は宇宙にありふれているのかもしれない。

    出典:Kvenvolden et al., Nature 1970, "Evidence for extraterrestrial amino-acids and hydrocarbons in the Murchison meteorite"

  • 深海の熱水:太陽光に頼らない生態系が深海の熱水の周辺に存在し、生命の起源に新しい候補地を与えた。

    出典:Corliss et al., Science 1979, "Submarine thermal springs on the Galápagos Rift"

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