Arbre de la Viedomaines, règnes et phylums expliqués
Comment la vie sur Terre est-elle classée ? Cette page traite des domaines, règnes et phylums de l'Arbre de la Vie du jeu et de leur emboîtement.
Toute la vie sur Terre descend d'un seul ancêtre, on peut donc la dessiner comme un arbre. La racine est le dernier ancêtre commun universel. Il en sort trois domaines : les Bactéries, les Archées et les Eucaryotes. Les Eucaryotes se divisent en cinq règnes, et chaque domaine ou règne contient un ensemble d'embranchements. Cette page présente le « tronc » de l'Arbre de la Vie du jeu, ses trois couches supérieures : domaines, règnes et embranchements. Elle ne descend pas jusqu'aux classes, ordres ou familles.
La division en trois domaines a été une vraie réécriture de la biologie. On rangeait autrefois le vivant en bactéries et tout le reste. La comparaison de l'ARN ribosomique a montré que les « bactéries » étaient en réalité deux sortes de vie très différentes, et les archées sont devenues leur propre branche (Woese & Fox, PNAS 1977). L'Arbre de la Vie a alors été redessiné avec trois domaines : Bactéries, Archées et Eucaryotes (Woese, Kandler & Wheelis, PNAS 1990).
La racine : le dernier ancêtre commun universel
Le dernier ancêtre commun universel (LUCA) est la racine. En remontant à partir des gènes modernes, il a peut-être vécu près de sources hydrothermales profondes, chaudes, sans oxygène et riches en hydrogène (Weiss et al., Nature Microbiology 2016). Tous les domaines de l'arbre en descendent.
Les trois domaines
| Domaine | Nom latin | Nombre d'embranchements |
|---|---|---|
| Bactéries | Bacteria | Neuf embranchements |
| Archées | Archaea | Quatre embranchements |
| Eucaryotes | Eukaryota | Cinq règnes, chacun avec plusieurs embranchements |
Les neuf embranchements de bactéries
Les neuf embranchements des Bactéries sont : Cyanobactéries, Pseudomonadota (Protéobactéries), Bacillota (Firmicutes), Actinobactéries, Bacteroidetes, Spirochètes, Deinococcota, Aquificota et Thermotogota.
Les quatre embranchements d'archées
- Methanobacteriota (Euryarchaeota)
- Thermoproteota (Crenarchaeota)
- Nitrososphaerota (Thaumarchaeota)
- Archées d'Asgard
Les archées d'Asgard occupent une place intéressante. Lokiarchaeum, trouvé dans des sédiments des grands fonds, porte beaucoup de gènes que l'on croyait propres aux eucaryotes (Spang et al., Nature 2015). Cela laisse penser que les eucaryotes sont des parents inhabituellement proches des archées.
Les cinq règnes d'eucaryotes
Dans le jeu, les Eucaryotes sont divisés en cinq règnes, chacun avec son propre ensemble d'embranchements.
| Règne | Embranchements |
|---|---|
| Protozoaires | Euglénozoaires, Amœbozoaires, Choanozoaires |
| Chromistes | Ochrophytes, Ciliés, Foraminifères, Haptophytes, Apicomplexes, Dinoflagellés |
| Plantes | Algues rouges, Algues vertes, Characées, Bryophytes, Ptéridophytes, Gymnospermes, Angiospermes |
| Champignons | Chytrides, Glomeromycota, Ascomycètes, Basidiomycètes |
| Animaux | Éponges, Cnidaires, Cténophores, Plathelminthes, Nématodes, Rotifères, Tardigrades, Annélides, Mollusques, Brachiopodes, Arthropodes, Échinodermes, Chordés |
Les animaux ont le plus d'embranchements, treize. La ligne des Plantes, des algues rouges et vertes jusqu'aux angiospermes, retrace presque le chemin des plantes vers la terre ferme : les characées d'abord, puis les bryophytes, et après elles les ptéridophytes, les gymnospermes et les angiospermes.
Compter l'arbre
Additionnez les embranchements des trois domaines : neuf chez les Bactéries, quatre chez les Archées, et trente-trois répartis sur les cinq règnes d'eucaryotes, soit quarante-six embranchements au total. Les animaux en ont le plus (treize), suivis des Plantes (sept), des Chromistes (six), des Champignons (quatre) et des Protozoaires (trois). L'arbre n'est dessiné que jusqu'au niveau de l'embranchement, donc la classification plus fine n'y figure pas. Il a une racine et trois domaines, et se ramifie plus finement à chaque étape vers le haut.
Un événement clé de l'arbre
- Endosymbiose : les mitochondries et les chloroplastes ont été autrefois des bactéries libres. Une fois avalées, elles sont devenues partie de la cellule. Quand l'idée a été proposée, plus d'une douzaine de revues l'ont rejetée (Margulis, publiée sous le nom de Sagan, Journal of Theoretical Biology 1967).
Articles à chercher
- Woese & Fox (1977) : « Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms »
- Woese et al. (1990) : « Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya »
- Spang et al. (2015) : « Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes »
- Weiss et al. (2016) : « The physiology and habitat of the last universal common ancestor »
Base réelle
Bactéries : un domaine de l'arbre du vivant, descendu du dernier ancêtre commun.
Cyanobactéries (Cyanobacteriota) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le domaine des Bactéries.
Protéobactéries (Pseudomonadota) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le domaine des Bactéries.
Firmicutes (Bacillota) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le domaine des Bactéries.
Actinobactéries (Actinomycetota) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le domaine des Bactéries.
Bacteroidetes (Bacteroidota) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le domaine des Bactéries.
Spirochètes (Spirochaetota) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le domaine des Bactéries.
Deinococcota : un phylum de l'arbre du vivant, dans le domaine des Bactéries.
Aquificota : un phylum de l'arbre du vivant, dans le domaine des Bactéries.
Thermotogota : un phylum de l'arbre du vivant, dans le domaine des Bactéries.
Archées : un domaine de l'arbre du vivant, descendu du dernier ancêtre commun.
Euryarchaeota (Methanobacteriota) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le domaine des Archées.
Crenarchaeota (Thermoproteota) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le domaine des Archées.
Thaumarchaeota (Nitrososphaerota) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le domaine des Archées.
Asgardarchaeota : un phylum de l'arbre du vivant, dans le domaine des Archées.
Eucaryotes (Eukaryota) : un domaine de l'arbre du vivant, descendu du dernier ancêtre commun.
Protozoaires : un règne de l'arbre du vivant, dans le domaine des Eucaryotes.
Euglenozoa : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Protozoaires.
Amoebozoa : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Protozoaires.
Choanozoa : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Protozoaires.
Chromistes : un règne de l'arbre du vivant, dans le domaine des Eucaryotes.
Ochrophyta : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Chromistes.
Ciliés (Ciliophora) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Chromistes.
Foraminifères : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Chromistes.
Haptophytes (Haptophyta) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Chromistes.
Apicomplexa : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Chromistes.
Dinoflagellés (Dinoflagellata) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Chromistes.
Plantes (Plantae) : un règne de l'arbre du vivant, dans le domaine des Eucaryotes.
Algues rouges (Rhodophyta) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Plantes.
Algues vertes (Chlorophyta) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Plantes.
Charophytes (Charophyta) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Plantes.
Bryophytes (Bryophyta) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Plantes.
Ptéridophytes (Pteridophyta) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Plantes.
Gymnospermes (Gymnospermae) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Plantes.
Angiospermes (Angiospermae) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Plantes.
Champignons : un règne de l'arbre du vivant, dans le domaine des Eucaryotes.
Chytrides (Chytridiomycota) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Champignons.
Glomeromycota : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Champignons.
Ascomycètes (Ascomycota) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Champignons.
Basidiomycètes (Basidiomycota) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Champignons.
Animaux (Animalia) : un règne de l'arbre du vivant, dans le domaine des Eucaryotes.
Éponges (Porifera) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Animaux.
Cnidaires (Cnidaria) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Animaux.
Cténophores (Ctenophora) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Animaux.
Plathelminthes (Platyhelminthes) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Animaux.
Nématodes (Nematoda) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Animaux.
Rotifères (Rotifera) : un phylum de l'arbre du vivant, dans le règne des Animaux.
Tardigrades (Tardigrada) : un phylum de l'Arbre de la Vie, dans le règne animal.
Annélides (Annelida) : un phylum de l'Arbre de la Vie, dans le règne animal.
Mollusques (Mollusca) : un phylum de l'Arbre de la Vie, dans le règne animal.
Brachiopodes (Brachiopoda) : un phylum de l'Arbre de la Vie, dans le règne animal.
Arthropodes (Arthropoda) : un phylum de l'Arbre de la Vie, dans le règne animal.
Échinodermes (Echinodermata) : un phylum de l'Arbre de la Vie, dans le règne animal.
Cordés (Chordata) : un phylum de l'Arbre de la Vie, dans le règne animal.
Recherches liées
Ces études sont liées au sujet mais ne prouvent pas directement le contenu de cette page.
Un troisième type de vie: La comparaison de l'ARN ribosomique a montré que les « bactéries » sont en fait deux formes de vie très différentes, et les archées sont devenues une branche à part.
Source : Woese & Fox, PNAS 1977, "Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms"
Le système à trois domaines: L'arbre de la vie a été redivisé en trois domaines : Bactéries, Archées et Eucaryotes.
Source : Woese, Kandler & Wheelis, PNAS 1990, "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya"
Théorie endosymbiotique: Margulis a proposé que les mitochondries et les chloroplastes étaient autrefois des bactéries indépendantes, avalées et devenues une partie de la cellule. Elle a été rejetée par plus d'une douzaine de revues.
Source : Sagan (Margulis), Journal of Theoretical Biology 1967, "On the origin of mitosing cells"
Le foyer de LUCA: En remontant à partir des gènes actuels, l'ancêtre commun de tout le vivant a peut-être vécu près de sources hydrothermales profondes, chaudes, sans oxygène et riches en hydrogène.
Source : Weiss et al., Nature Microbiology 2016, "The physiology and habitat of the last universal common ancestor"
Archées d'Asgard: Des Lokiarchaeota trouvées dans des sédiments des grands fonds portent de nombreux gènes que l'on croyait propres aux eucaryotes.
Source : Spang et al., Nature 2015, "Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes"
Projets open source liés
OneZoom Tree of Life
113 étoiles
OneZoom/OZtree
Dessine tout l'arbre du vivant sur une seule carte où l'on peut zoomer sans fin, de la racine jusqu'à une seule espèce.