宇宙裡的分子:從氦合氫離子到胺基酸
宇宙中形成的第一種分子是什麼?這一頁彙總遊戲裡的分子條目,講它們的發現和來歷。
宇宙中形成的第一種分子,是氦合氫離子(HeH⁺),直到 2019 年才在一個行星狀星雲裡被首次探測到。從它開始,宇宙一路造出了氫分子、水、氨、胺基酸、鹼基,最後是 DNA 和蛋白質。遊戲裡收錄了七十多種分子和礦物,這一頁挑出最有故事的幾十種,按“太空裡的分子”“岩石與礦物”“生命的積木”“生命的大分子”四組來講。
太空裡的分子
| 分子 | 一句事實 |
|---|---|
| 氦合氫離子(HeH⁺) | 宇宙中形成的第一種分子,2019 年才在一個行星狀星雲裡被首次探測到。 |
| 氫分子(H₂) | 宇宙中最多的分子。第一代恆星誕生前,氣體要靠它輻射冷卻才能坍縮。 |
| 羥基(OH) | 1963 年第一種在星際空間被射電望遠鏡探測到的分子。 |
| 一氧化碳(CO) | 分子云裡第二多的分子,射電天文學家用它來描繪看不見的氫分子云。 |
| 氨(NH₃) | 1968 年被探測到,是第一種在星際空間發現的多原子分子。 |
| 甲醛(H₂CO) | 1969 年被探測到的第一種星際有機多原子分子。 |
| 多環芳烴(PAH) | 星際空間最常見的大分子之一,被認為鎖住了宇宙中相當一部分的碳。 |
| 富勒烯(C₆₀) | 2010 年在行星狀星雲裡被發現,是已知最大的星際分子之一。 |
| 乙醇醛 | 最簡單的糖類分子之一,在銀河系中心附近的氣體雲裡被發現。 |
水在星際冰粒、彗星和行星盤裡大量存在,地球的水可能部分來自小行星;氰化氫劇毒,卻可能是生命起源時合成鹼基和胺基酸的重要原料;土衛六上有甲烷構成的湖泊和雨。
岩石與礦物
- 矽酸鹽塵埃:星際塵埃的主要成分,後來聚整合岩石行星。
- 橄欖石:上地幔的主要礦物,彗星塵埃裡也有它的晶體。
- 石英:大陸地殼的標誌性礦物,沙子的主要成分。
- 鋯石:極其耐久。澳大利亞的鋯石顯示,44 億年前地球上可能已有液態水。
- 金剛石:碳原子以四面體緊密排列,是天然最硬的物質。有些隕石裡藏著比太陽系還老的奈米金剛石。
- 方解石:石灰岩和許多貝殼的成分,三葉蟲的眼睛就是方解石晶體。
- 磁鐵礦:天然磁性最強的礦物,一些細菌和候鳥體內也有它的微晶。
- 黏土礦物:黏土表面可能幫助早期的 RNA 片段排列、聚合。
- 黃鐵礦:俗稱“愚人金”。有一種生命起源假說認為,最早的代謝反應發生在硫化鐵表面。
生命的積木
胺基酸、鹼基、糖和脂肪酸,是生命大分子的基本零件。
- 甘胺酸:最簡單的胺基酸,羅塞塔號在彗星 67P 上也檢測到了它。
- 腺嘌呤:DNA 和 RNA 的鹼基之一,可以由 5 個氰化氫分子拼成。
- 核糖:RNA 的糖骨架,可以由甲醛在礦物表面聚合而成。
- 脂肪酸:放進水裡會自發形成雙層膜泡,這可能是第一層細胞膜。
- 甲醯胺:在礦物催化下加熱甲醯胺,可以同時得到四種鹼基和多種胺基酸的前體。
- 尿素:1828 年維勒用無機物合成了尿素,第一次證明有機物不必來自生命。
這些零件的來源,有實驗也有隕石為證。一個研究生把水、甲烷、氨和氫封進燒瓶,持續放電,竟得到了組成蛋白質的胺基酸(Miller,《Science》1953)。默奇森隕石裡發現了非地球來源的胺基酸,生命的原料在宇宙中可能很常見(Kvenvolden 等,《Nature》1970)。有人找到一條更“自然”的化學路線,在原始條件下直接合成 RNA 的元件(Powner、Gerland 與 Sutherland,《Nature》2009)。
生命的大分子
- RNA:既能儲存資訊又能催化反應的分子,RNA 世界假說的主角。
- 核酶:有催化能力的 RNA。切赫和奧爾特曼因為發現它獲得 1989 年諾貝爾化學獎。
- DNA:比 RNA 更穩定的遺傳分子,所有現存細胞生物都用它儲存基因。
- 脫氧核糖:比核糖少一個氧原子,這讓 DNA 比 RNA 穩定得多。
- ATP:細胞的能量貨幣,人體每天合成和分解的 ATP 總量接近自身體重。
- tRNA:三葉草形狀的小 RNA,一端認密碼子,一端馱著胺基酸,是遺傳密碼的“翻譯員”。
- 遺傳密碼:64 個三聯密碼子對應 20 種胺基酸和終止訊號,幾乎所有生物共用同一套密碼。
- 蛋白質:從序列預測蛋白質結構曾是半個世紀的難題,2020 年 AlphaFold 基本解決了它。
- 酶:生物催化劑。有些反應沒有酶要等幾千萬年,有了酶只要幾毫秒。
鐵硫簇的結構和熱泉裡的硫化鐵礦物很像,支援生命起源於海底熱泉的假說。深海熱泉周圍存在不依賴陽光的生態系統,生命起源有了一個新的候選地點(Corliss 等,《Science》1979)。
胺基酸名字裡的故事
- 天冬醯胺:1806 年從蘆筍汁中分離出來,是第一個被發現的胺基酸。
- 絲胺酸:名字來自蠶絲,最早從絲膠蛋白中分離出來。
- 酪胺酸:最早從乳酪中分離出來,名字源自希臘語的“乳酪”。
- 鳥嘌呤:最早從鳥糞中分離出來,名字也由此而來。
- 蘇胺酸:1935 年才被發現,是 20 種標準胺基酸裡最後找到的一種。
- 苯丙胺酸:1961 年尼倫伯格用只含 U 的 RNA 合成出一串苯丙胺酸,破譯了第一個密碼子 UUU。
想讀原文,可以搜這些題目
- Miller(1953):《A production of amino acids under possible primitive earth conditions》,大意是“在可能的原始地球條件下生成胺基酸”
- Kvenvolden 等(1970):《Evidence for extraterrestrial amino-acids and hydrocarbons in the Murchison meteorite》,大意是“默奇森隕石中存在地外胺基酸和烴類的證據”
- Powner 等(2009):《Synthesis of activated pyrimidine ribonucleotides in prebiotically plausible conditions》,大意是“在前生命時期可信的條件下合成活化的嘧啶核糖核苷酸”
- Corliss 等(1979):《Submarine thermal springs on the Galápagos Rift》,大意是“加拉帕戈斯裂谷上的海底溫泉”
真實依據
氦合氫離子(HeH⁺):宇宙中形成的第一種分子。2019 年才在一個行星狀星雲裡被首次探測到。
氫分子(H₂):宇宙中最多的分子。第一代恆星誕生前,氣體要靠它輻射冷卻才能坍縮。
羥基(OH):1963 年第一種在星際空間被射電望遠鏡探測到的分子。
一氧化碳(CO):分子云裡第二多的分子,射電天文學家用它來描繪看不見的氫分子云。
水(H₂O):在星際冰粒、彗星和行星盤裡大量存在。地球的水可能部分來自小行星。
氨(NH₃):1968 年被探測到,是第一種在星際空間發現的多原子分子。
甲烷(CH₄):土衛六上有甲烷構成的湖泊和雨。
矽酸鹽塵埃(SiO₄):星際塵埃的主要成分,後來聚整合岩石行星。
氰化氫(HCN):劇毒,卻可能是生命起源時合成鹼基和胺基酸的重要原料。
甲醛(H₂CO):1969 年被探測到的第一種星際有機多原子分子。
多環芳烴(PAH):星際空間最常見的大分子之一,被認為鎖住了宇宙中相當一部分的碳。
富勒烯(C₆₀):2010 年在行星狀星雲裡被發現,是已知最大的星際分子之一。
乙醇醛(C₂H₄O₂):最簡單的糖類分子之一,在銀河系中心附近的氣體雲裡被發現。
橄欖石((Mg,Fe)₂SiO₄):上地幔的主要礦物,彗星塵埃裡也有它的晶體。
輝石((Mg,Ca)SiO₃):玄武岩和月岩裡的常見礦物。
磁鐵礦(Fe₃O₄):天然磁性最強的礦物,一些細菌和候鳥體內也有它的微晶。
石英(SiO₂):大陸地殼的標誌性礦物,沙子的主要成分。
長石(KAlSi₃O₈):地殼中含量最多的礦物類別。
鋯石(ZrSiO₄):極其耐久。澳大利亞的鋯石顯示,44 億年前地球上可能已有液態水。
金剛石(C):碳原子以四面體緊密排列,是天然最硬的物質。有些隕石裡藏著比太陽系還老的奈米金剛石。
黏土礦物(Al₂Si₂O₅(OH)₄):黏土表面可能幫助早期的 RNA 片段排列、聚合。
方解石(CaCO₃):石灰岩和許多貝殼的成分,三葉蟲的眼睛就是方解石晶體。
磷灰石(Ca₅(PO₄)₃):牙釉質和骨骼的主要無機成分。
黃鐵礦(FeS₂):俗稱「愚人金」。有一種生命起源假說認為,最早的代謝反應發生在硫化鐵表面。
甘胺酸(C₂H₅NO₂):最簡單的胺基酸,羅塞塔號在彗星 67P 上也檢測到了它。
腺嘌呤(C₅H₅N₅):DNA 和 RNA 的鹼基之一,可以由 5 個氰化氫分子拼成。
核糖(C₅H₁₀O₅):RNA 的糖骨架,可以由甲醛在礦物表面聚合而成。
核苷酸(NMP):核酸的基本單位:鹼基、核糖和磷酸連在一起。
脂肪酸(RCOOH):放進水裡會自發形成雙層膜泡,這可能是第一層細胞膜。
RNA(RNA):既能儲存資訊又能催化反應的分子,RNA 世界假說的主角。
ATP(ATP):細胞的能量貨幣,人體每天合成和分解的 ATP 總量接近自身體重。
DNA(DNA):比 RNA 更穩定的遺傳分子,所有現存細胞生物都用它儲存基因。
葉綠素(C₅₅H₇₂MgN₄O₅):吸收紅光和藍光、反射綠光,中心是一個鎂原子。
血紅素(Hb):用鐵原子攜帶氧氣,讓血液呈現紅色。
甲醯胺(HCONH₂):在礦物催化下加熱甲醯胺,可以同時得到四種鹼基和多種胺基酸的前體。
尿素(CO(NH₂)₂):1828 年維勒用無機物合成了尿素,第一次證明有機物不必來自生命。
丙胺酸(Ala):1953 年米勒-尤里實驗裡產量最高的胺基酸之一,默奇森隕石裡也有。
天冬胺酸(Asp):米勒-尤里實驗和隕石裡都找到過它,它也是合成多種其他胺基酸的起點。
絲胺酸(Ser):名字來自蠶絲,最早從絲膠蛋白中分離出來。
麩胺酸(Glu):味精的主要成分是麩胺酸鈉,它讓食物有「鮮味」。
纈胺酸(Val):鐮狀細胞貧血,就是血紅素裡的一個麩胺酸被換成了纈胺酸。
鳥嘌呤(G):最早從鳥糞中分離出來,名字也由此而來。
胞嘧啶(C):和鳥嘌呤之間形成三個氫鍵,是鹼基對裡最牢固的一對。
尿嘧啶(U):RNA 特有的鹼基。胞嘧啶脫去一個氨基就會變成它,默奇森隕石裡也檢測到了它。
白胺酸(Leu):蛋白質裡最常見的胺基酸之一,人體不能自己合成。
異白胺酸(Ile):和白胺酸的原子組成完全一樣,只是排列不同,是一對同分異構體。
脯胺酸(Pro):側鏈和主鏈連成一個環,像蛋白質鏈上的「折角」,膠原蛋白裡特別多。
蘇胺酸(Thr):1935 年才被發現,是 20 種標準胺基酸裡最後找到的一種。
同手性(L / D):生命只用左旋胺基酸和右旋糖。默奇森隕石裡的左旋胺基酸略多,暗示這種偏好可能來自太空。
磷脂(PL):一頭親水、一頭疏水,在水裡自動排成雙層。今天所有細胞膜都由它構成。
鐵硫簇(Fe–S):最古老的蛋白質輔因子之一,結構和熱泉裡的硫化鐵礦物很像,支援生命起源於海底熱泉的假說。
核酶(RNA*):有催化能力的 RNA。切赫和奧爾特曼因為發現它獲得 1989 年諾貝爾化學獎。
肽(Gly-Ala):胺基酸脫水連成的短鏈。溫泉池邊反覆乾溼交替,就能讓胺基酸自發連起來。
tRNA(tRNA):三葉草形狀的小 RNA,一端認密碼子,一端馱著胺基酸,是遺傳密碼的「翻譯員」。
NAD⁺(NAD⁺):傳遞電子的輔酶,分子裡帶著一個完整的核苷酸,可能是 RNA 世界留下的遺物。
輔酶 A(CoA):代謝的中心樞紐,脂肪酸代謝和檸檬酸迴圈都要用它。
半胱胺酸(Cys):含硫的胺基酸,兩個半胱胺酸能形成二硫鍵。燙頭髮就是打斷再重組這些鍵。
甲硫胺酸(Met):幾乎所有蛋白質的第一個胺基酸,起始密碼子 AUG 編碼的就是它。
組胺酸(His):酶活性中心裡常見的「搬運工」,能接收和交出質子。
離胺酸(Lys):穀物裡含量較少的必需胺基酸,所以只吃穀物容易缺乏。
精胺酸(Arg):人體用它合成一氧化氮,幫助血管舒張。
天冬醯胺(Asn):1806 年從蘆筍汁中分離出來,是第一個被發現的胺基酸。
麩醯胺酸(Gln):血液裡含量最多的胺基酸,為免疫細胞和腸道細胞供能。
核糖體(rRNA):把信使 RNA 翻譯成蛋白質的分子機器。起催化作用的是 RNA 而不是蛋白質,被看作 RNA 世界的活化石。
遺傳密碼(64 → 20):64 個三聯密碼子對應 20 種胺基酸和終止訊號,幾乎所有生物共用同一套密碼。
蛋白質(Protein):從序列預測蛋白質結構曾是半個世紀的難題,2020 年 AlphaFold 基本解決了它。
苯丙胺酸(Phe):1961 年尼倫伯格用只含 U 的 RNA 合成出一串苯丙胺酸,破譯了第一個密碼子 UUU。
酪胺酸(Tyr):最早從乳酪中分離出來,名字源自希臘語的「乳酪」。
色胺酸(Trp):體積最大的標準胺基酸,人體用它合成血清素和褪黑素。
胸腺嘧啶(T):尿嘧啶加一個甲基。DNA 用它代替尿嘧啶,更容易發現並修復胞嘧啶脫氨造成的錯誤。
脫氧核糖(C₅H₁₀O₄):比核糖少一個氧原子,這讓 DNA 比 RNA 穩定得多。
酶(E):生物催化劑。有些反應沒有酶要等幾千萬年,有了酶只要幾毫秒。
葡萄糖(C₆H₁₂O₆):光合作用的產物。人的大腦每天要消耗約 120 克葡萄糖。
纖維素((C₆H₁₀O₅)ₙ):地球上最多的有機物,由葡萄糖連成。牛羊要靠胃裡的微生物才能消化它。
膠原蛋白(Col):動物體內含量最多的蛋白質,把細胞粘成組織。多細胞動物的出現可能離不開它。
幾丁質((C₈H₁₃NO₅)ₙ):節肢動物外骨骼和真菌細胞壁的主要成分,是自然界第二多的多糖。
木質素(Lignin):讓植物莖幹變硬、能夠長高。石炭紀留下大量煤炭,可能和當時的真菌還不善於分解它有關。
相關研究
這些研究和本頁主題相關,但不是本頁內容的直接證明。
米勒-尤里實驗:一個研究生把水、甲烷、氨和氫封進燒瓶,持續放電,竟得到了組成蛋白質的胺基酸。
出處:Miller, Science 1953, "A production of amino acids under possible primitive earth conditions"
無需酶的核苷酸:找到一條更“自然”的化學路線,在原始條件下直接合成 RNA 的元件。
出處:Powner, Gerland & Sutherland, Nature 2009, "Synthesis of activated pyrimidine ribonucleotides in prebiotically plausible conditions"
太空中的胺基酸:默奇森隕石裡發現了非地球來源的胺基酸,生命的原料在宇宙中可能很常見。
出處:Kvenvolden et al., Nature 1970, "Evidence for extraterrestrial amino-acids and hydrocarbons in the Murchison meteorite"
海底熱泉:深海熱泉周圍存在不依賴陽光的生態系統,生命起源有了一個新的候選地點。
出處:Corliss et al., Science 1979, "Submarine thermal springs on the Galápagos Rift"
相關開源專案
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從胺基酸序列預測蛋白質的三維結構。2024 年諾貝爾化學獎的一半授予了它的兩位開發者,哈薩比斯和江珀。