生命之樹主幹：域、界、門

地球生命怎麼分類？這一頁彙總遊戲裡生命之樹的域、界、門，講它們的上下級關係。

地球上所有生命都來自同一個祖先，所以可以畫成一棵樹。樹根是“最後共同祖先”，從它分出三大域：細菌域、古菌域和真核域；真核域再分成五個界；每個域或界下面是一批門。這一頁講的是遊戲裡生命之樹的“主幹”，也就是最上面的三層：域、界、門，不包括更細的綱、目、科。

生命之樹的三域劃分，是一次真正的改寫。過去人們把生命分成細菌和別的；比較核糖體 RNA 後才發現，“細菌”其實是兩類截然不同的生命，古菌從此獨立成支（Woese 與 Fox，《PNAS》1977）。隨後，生命之樹被重新劃分為細菌、古菌、真核生物三大域（Woese、Kandler 與 Wheelis，《PNAS》1990）。

樹根：最後共同祖先

最後共同祖先（LUCA）是樹根。從現代基因反推，它可能生活在高溫、缺氧、富含氫的深海熱泉附近（Weiss 等，《Nature Microbiology》2016）。樹上所有的域，都隸屬於它。

三大域

域	拉丁名	下屬門的數量
細菌域	Bacteria	九個門
古菌域	Archaea	四個門
真核域	Eukaryota	五個界，各含若干門

細菌域的九個門

細菌域下屬的九個門是：藍細菌門、假單胞菌門（變形菌門）、芽孢桿菌門（厚壁菌門）、放線菌門、擬桿菌門、螺旋體門、異常球菌門、產液菌門和熱袍菌門。

古菌域的四個門

甲烷桿菌門（廣古菌門）
熱變形菌門（泉古菌門）
亞硝化球菌門（奇古菌門）
阿斯加德古菌門

阿斯加德古菌門的位置很有意思。在深海沉積物中找到的洛基古菌，攜帶許多原以為只有真核生物才有的基因（Spang 等，《Nature》2015）。這提示真核生物與古菌的關係格外近。

真核域的五個界

真核域在遊戲裡分成五個界，每個界下面各有一批門。

界	下屬的門
原生動物界	眼蟲門、變形蟲門、領鞭毛門
色素界	褐藻門、纖毛門、有孔蟲門、定鞭藻門、頂復門、甲藻門
植物界	紅藻門、綠藻門、輪藻門、苔蘚植物門、蕨類植物門、裸子植物門、被子植物門
真菌界	壺菌門、球囊菌門、子囊菌門、擔子菌門
動物界	多孔動物門、刺胞動物門、櫛板動物門、扁形動物門、線蟲動物門、輪蟲動物門、緩步動物門、環節動物門、軟體動物門、腕足動物門、節肢動物門、棘皮動物門、脊索動物門

動物界下屬的門最多，共十三個。植物界從紅藻、綠藻一路排到被子植物，幾乎就是一條植物登陸的路線：輪藻門之後才出現苔蘚植物門，再到蕨類、裸子植物和被子植物。

數一數這棵樹

把三個域的門加起來：細菌域九個，古菌域四個，真核域的五個界合起來共三十三個，總共四十六個門。動物界的十三個門是全樹裡最多的一個界，色素界六個，植物界七個，真菌界四個，原生動物界三個。這棵樹只畫到“門”這一層，所以看不到更細的分類。整棵樹只有一個根、三個域，從根往上一層層分叉，越往上分得越細。

樹上的幾個關鍵事件

內共生：線粒體和葉綠體曾是獨立的細菌，被吞下後成了細胞的一部分，這個學說當年被十幾家期刊拒稿（馬古利斯，署名 Sagan，《Journal of Theoretical Biology》1967）。

想讀原文，可以搜這些題目

Woese 與 Fox（1977）：《Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms》，大意是“原核生物域的系統發育結構：初級的界”
Woese 等（1990）：《Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya》，大意是“邁向生物的自然系統：古菌域、細菌域和真核域的提議”
Spang 等（2015）：《Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes》，大意是“彌合原核生物與真核生物鴻溝的複雜古菌”
Weiss 等（2016）：《The physiology and habitat of the last universal common ancestor》，大意是“最後共同祖先的生理與棲息地”

真實依據

細菌域（Bacteria）：生命之樹上的域，隸屬於最後共同祖先。
藍細菌門（Cyanobacteriota）：生命之樹上的門，隸屬於細菌域。
假單胞菌門（變形菌門）（Pseudomonadota）：生命之樹上的門，隸屬於細菌域。
芽孢桿菌門（厚壁菌門）（Bacillota）：生命之樹上的門，隸屬於細菌域。
放線菌門（Actinomycetota）：生命之樹上的門，隸屬於細菌域。
擬桿菌門（Bacteroidota）：生命之樹上的門，隸屬於細菌域。
螺旋體門（Spirochaetota）：生命之樹上的門，隸屬於細菌域。
異常球菌門（Deinococcota）：生命之樹上的門，隸屬於細菌域。
產液菌門（Aquificota）：生命之樹上的門，隸屬於細菌域。
熱袍菌門（Thermotogota）：生命之樹上的門，隸屬於細菌域。
古菌域（Archaea）：生命之樹上的域，隸屬於最後共同祖先。
甲烷桿菌門（廣古菌門）（Methanobacteriota）：生命之樹上的門，隸屬於古菌域。
熱變形菌門（泉古菌門）（Thermoproteota）：生命之樹上的門，隸屬於古菌域。
亞硝化球菌門（奇古菌門）（Nitrososphaerota）：生命之樹上的門，隸屬於古菌域。
阿斯加德古菌門（Asgardarchaeota）：生命之樹上的門，隸屬於古菌域。
真核域（Eukaryota）：生命之樹上的域，隸屬於最後共同祖先。
原生動物界（Protozoa）：生命之樹上的界，隸屬於真核域。
眼蟲門（Euglenozoa）：生命之樹上的門，隸屬於原生動物界。
變形蟲門（Amoebozoa）：生命之樹上的門，隸屬於原生動物界。
領鞭毛門（Choanozoa）：生命之樹上的門，隸屬於原生動物界。
色素界（Chromista）：生命之樹上的界，隸屬於真核域。
褐藻門（Ochrophyta）：生命之樹上的門，隸屬於色素界。
纖毛門（Ciliophora）：生命之樹上的門，隸屬於色素界。
有孔蟲門（Foraminifera）：生命之樹上的門，隸屬於色素界。
定鞭藻門（Haptophyta）：生命之樹上的門，隸屬於色素界。
頂復門（Apicomplexa）：生命之樹上的門，隸屬於色素界。
甲藻門（Dinoflagellata）：生命之樹上的門，隸屬於色素界。
植物界（Plantae）：生命之樹上的界，隸屬於真核域。
紅藻門（Rhodophyta）：生命之樹上的門，隸屬於植物界。
綠藻門（Chlorophyta）：生命之樹上的門，隸屬於植物界。
輪藻門（Charophyta）：生命之樹上的門，隸屬於植物界。
苔蘚植物門（Bryophyta）：生命之樹上的門，隸屬於植物界。
蕨類植物門（Pteridophyta）：生命之樹上的門，隸屬於植物界。
裸子植物門（Gymnospermae）：生命之樹上的門，隸屬於植物界。
被子植物門（Angiospermae）：生命之樹上的門，隸屬於植物界。
真菌界（Fungi）：生命之樹上的界，隸屬於真核域。
壺菌門（Chytridiomycota）：生命之樹上的門，隸屬於真菌界。
球囊菌門（Glomeromycota）：生命之樹上的門，隸屬於真菌界。
子囊菌門（Ascomycota）：生命之樹上的門，隸屬於真菌界。
擔子菌門（Basidiomycota）：生命之樹上的門，隸屬於真菌界。
動物界（Animalia）：生命之樹上的界，隸屬於真核域。
多孔動物門（Porifera）：生命之樹上的門，隸屬於動物界。
刺胞動物門（Cnidaria）：生命之樹上的門，隸屬於動物界。
櫛板動物門（Ctenophora）：生命之樹上的門，隸屬於動物界。
扁形動物門（Platyhelminthes）：生命之樹上的門，隸屬於動物界。
線蟲動物門（Nematoda）：生命之樹上的門，隸屬於動物界。
輪蟲動物門（Rotifera）：生命之樹上的門，隸屬於動物界。
緩步動物門（Tardigrada）：生命之樹上的門，隸屬於動物界。
環節動物門（Annelida）：生命之樹上的門，隸屬於動物界。
軟體動物門（Mollusca）：生命之樹上的門，隸屬於動物界。
腕足動物門（Brachiopoda）：生命之樹上的門，隸屬於動物界。
節肢動物門（Arthropoda）：生命之樹上的門，隸屬於動物界。
棘皮動物門（Echinodermata）：生命之樹上的門，隸屬於動物界。
脊索動物門（Chordata）：生命之樹上的門，隸屬於動物界。