宇宙里的分子:从氦合氢离子到氨基酸
宇宙中形成的第一种分子是什么?这一页汇总游戏里的分子条目,讲它们的发现和来历。
宇宙中形成的第一种分子,是氦合氢离子(HeH⁺),直到 2019 年才在一个行星状星云里被首次探测到。从它开始,宇宙一路造出了氢分子、水、氨、氨基酸、碱基,最后是 DNA 和蛋白质。游戏里收录了七十多种分子和矿物,这一页挑出最有故事的几十种,按“太空里的分子”“岩石与矿物”“生命的积木”“生命的大分子”四组来讲。
太空里的分子
| 分子 | 一句事实 |
|---|---|
| 氦合氢离子(HeH⁺) | 宇宙中形成的第一种分子,2019 年才在一个行星状星云里被首次探测到。 |
| 氢分子(H₂) | 宇宙中最多的分子。第一代恒星诞生前,气体要靠它辐射冷却才能坍缩。 |
| 羟基(OH) | 1963 年第一种在星际空间被射电望远镜探测到的分子。 |
| 一氧化碳(CO) | 分子云里第二多的分子,射电天文学家用它来描绘看不见的氢分子云。 |
| 氨(NH₃) | 1968 年被探测到,是第一种在星际空间发现的多原子分子。 |
| 甲醛(H₂CO) | 1969 年被探测到的第一种星际有机多原子分子。 |
| 多环芳烃(PAH) | 星际空间最常见的大分子之一,被认为锁住了宇宙中相当一部分的碳。 |
| 富勒烯(C₆₀) | 2010 年在行星状星云里被发现,是已知最大的星际分子之一。 |
| 乙醇醛 | 最简单的糖类分子之一,在银河系中心附近的气体云里被发现。 |
水在星际冰粒、彗星和行星盘里大量存在,地球的水可能部分来自小行星;氰化氢剧毒,却可能是生命起源时合成碱基和氨基酸的重要原料;土卫六上有甲烷构成的湖泊和雨。
岩石与矿物
- 硅酸盐尘埃:星际尘埃的主要成分,后来聚集成岩石行星。
- 橄榄石:上地幔的主要矿物,彗星尘埃里也有它的晶体。
- 石英:大陆地壳的标志性矿物,沙子的主要成分。
- 锆石:极其耐久。澳大利亚的锆石显示,44 亿年前地球上可能已有液态水。
- 金刚石:碳原子以四面体紧密排列,是天然最硬的物质。有些陨石里藏着比太阳系还老的纳米金刚石。
- 方解石:石灰岩和许多贝壳的成分,三叶虫的眼睛就是方解石晶体。
- 磁铁矿:天然磁性最强的矿物,一些细菌和候鸟体内也有它的微晶。
- 黏土矿物:黏土表面可能帮助早期的 RNA 片段排列、聚合。
- 黄铁矿:俗称“愚人金”。有一种生命起源假说认为,最早的代谢反应发生在硫化铁表面。
生命的积木
氨基酸、碱基、糖和脂肪酸,是生命大分子的基本零件。
- 甘氨酸:最简单的氨基酸,罗塞塔号在彗星 67P 上也检测到了它。
- 腺嘌呤:DNA 和 RNA 的碱基之一,可以由 5 个氰化氢分子拼成。
- 核糖:RNA 的糖骨架,可以由甲醛在矿物表面聚合而成。
- 脂肪酸:放进水里会自发形成双层膜泡,这可能是第一层细胞膜。
- 甲酰胺:在矿物催化下加热甲酰胺,可以同时得到四种碱基和多种氨基酸的前体。
- 尿素:1828 年维勒用无机物合成了尿素,第一次证明有机物不必来自生命。
这些零件的来源,有实验也有陨石为证。一个研究生把水、甲烷、氨和氢封进烧瓶,持续放电,竟得到了组成蛋白质的氨基酸(Miller,《Science》1953)。默奇森陨石里发现了非地球来源的氨基酸,生命的原料在宇宙中可能很常见(Kvenvolden 等,《Nature》1970)。有人找到一条更“自然”的化学路线,在原始条件下直接合成 RNA 的组件(Powner、Gerland 与 Sutherland,《Nature》2009)。
生命的大分子
- RNA:既能储存信息又能催化反应的分子,RNA 世界假说的主角。
- 核酶:有催化能力的 RNA。切赫和奥尔特曼因为发现它获得 1989 年诺贝尔化学奖。
- DNA:比 RNA 更稳定的遗传分子,所有现存细胞生物都用它保存基因。
- 脱氧核糖:比核糖少一个氧原子,这让 DNA 比 RNA 稳定得多。
- ATP:细胞的能量货币,人体每天合成和分解的 ATP 总量接近自身体重。
- tRNA:三叶草形状的小 RNA,一端认密码子,一端驮着氨基酸,是遗传密码的“翻译员”。
- 遗传密码:64 个三联密码子对应 20 种氨基酸和终止信号,几乎所有生物共用同一套密码。
- 蛋白质:从序列预测蛋白质结构曾是半个世纪的难题,2020 年 AlphaFold 基本解决了它。
- 酶:生物催化剂。有些反应没有酶要等几千万年,有了酶只要几毫秒。
铁硫簇的结构和热泉里的硫化铁矿物很像,支持生命起源于海底热泉的假说。深海热泉周围存在不依赖阳光的生态系统,生命起源有了一个新的候选地点(Corliss 等,《Science》1979)。
氨基酸名字里的故事
- 天冬酰胺:1806 年从芦笋汁中分离出来,是第一个被发现的氨基酸。
- 丝氨酸:名字来自蚕丝,最早从丝胶蛋白中分离出来。
- 酪氨酸:最早从奶酪中分离出来,名字源自希腊语的“奶酪”。
- 鸟嘌呤:最早从鸟粪中分离出来,名字也由此而来。
- 苏氨酸:1935 年才被发现,是 20 种标准氨基酸里最后找到的一种。
- 苯丙氨酸:1961 年尼伦伯格用只含 U 的 RNA 合成出一串苯丙氨酸,破译了第一个密码子 UUU。
想读原文,可以搜这些题目
- Miller(1953):《A production of amino acids under possible primitive earth conditions》,大意是“在可能的原始地球条件下生成氨基酸”
- Kvenvolden 等(1970):《Evidence for extraterrestrial amino-acids and hydrocarbons in the Murchison meteorite》,大意是“默奇森陨石中存在地外氨基酸和烃类的证据”
- Powner 等(2009):《Synthesis of activated pyrimidine ribonucleotides in prebiotically plausible conditions》,大意是“在前生命时期可信的条件下合成活化的嘧啶核糖核苷酸”
- Corliss 等(1979):《Submarine thermal springs on the Galápagos Rift》,大意是“加拉帕戈斯裂谷上的海底温泉”
真实依据
氦合氢离子(HeH⁺):宇宙中形成的第一种分子。2019 年才在一个行星状星云里被首次探测到。
氢分子(H₂):宇宙中最多的分子。第一代恒星诞生前,气体要靠它辐射冷却才能坍缩。
羟基(OH):1963 年第一种在星际空间被射电望远镜探测到的分子。
一氧化碳(CO):分子云里第二多的分子,射电天文学家用它来描绘看不见的氢分子云。
水(H₂O):在星际冰粒、彗星和行星盘里大量存在。地球的水可能部分来自小行星。
氨(NH₃):1968 年被探测到,是第一种在星际空间发现的多原子分子。
甲烷(CH₄):土卫六上有甲烷构成的湖泊和雨。
硅酸盐尘埃(SiO₄):星际尘埃的主要成分,后来聚集成岩石行星。
氰化氢(HCN):剧毒,却可能是生命起源时合成碱基和氨基酸的重要原料。
甲醛(H₂CO):1969 年被探测到的第一种星际有机多原子分子。
多环芳烃(PAH):星际空间最常见的大分子之一,被认为锁住了宇宙中相当一部分的碳。
富勒烯(C₆₀):2010 年在行星状星云里被发现,是已知最大的星际分子之一。
乙醇醛(C₂H₄O₂):最简单的糖类分子之一,在银河系中心附近的气体云里被发现。
橄榄石((Mg,Fe)₂SiO₄):上地幔的主要矿物,彗星尘埃里也有它的晶体。
辉石((Mg,Ca)SiO₃):玄武岩和月岩里的常见矿物。
磁铁矿(Fe₃O₄):天然磁性最强的矿物,一些细菌和候鸟体内也有它的微晶。
石英(SiO₂):大陆地壳的标志性矿物,沙子的主要成分。
长石(KAlSi₃O₈):地壳中含量最多的矿物类别。
锆石(ZrSiO₄):极其耐久。澳大利亚的锆石显示,44 亿年前地球上可能已有液态水。
金刚石(C):碳原子以四面体紧密排列,是天然最硬的物质。有些陨石里藏着比太阳系还老的纳米金刚石。
黏土矿物(Al₂Si₂O₅(OH)₄):黏土表面可能帮助早期的 RNA 片段排列、聚合。
方解石(CaCO₃):石灰岩和许多贝壳的成分,三叶虫的眼睛就是方解石晶体。
磷灰石(Ca₅(PO₄)₃):牙釉质和骨骼的主要无机成分。
黄铁矿(FeS₂):俗称「愚人金」。有一种生命起源假说认为,最早的代谢反应发生在硫化铁表面。
甘氨酸(C₂H₅NO₂):最简单的氨基酸,罗塞塔号在彗星 67P 上也检测到了它。
腺嘌呤(C₅H₅N₅):DNA 和 RNA 的碱基之一,可以由 5 个氰化氢分子拼成。
核糖(C₅H₁₀O₅):RNA 的糖骨架,可以由甲醛在矿物表面聚合而成。
核苷酸(NMP):核酸的基本单位:碱基、核糖和磷酸连在一起。
脂肪酸(RCOOH):放进水里会自发形成双层膜泡,这可能是第一层细胞膜。
RNA(RNA):既能储存信息又能催化反应的分子,RNA 世界假说的主角。
ATP(ATP):细胞的能量货币,人体每天合成和分解的 ATP 总量接近自身体重。
DNA(DNA):比 RNA 更稳定的遗传分子,所有现存细胞生物都用它保存基因。
叶绿素(C₅₅H₇₂MgN₄O₅):吸收红光和蓝光、反射绿光,中心是一个镁原子。
血红蛋白(Hb):用铁原子携带氧气,让血液呈现红色。
甲酰胺(HCONH₂):在矿物催化下加热甲酰胺,可以同时得到四种碱基和多种氨基酸的前体。
尿素(CO(NH₂)₂):1828 年维勒用无机物合成了尿素,第一次证明有机物不必来自生命。
丙氨酸(Ala):1953 年米勒-尤里实验里产量最高的氨基酸之一,默奇森陨石里也有。
天冬氨酸(Asp):米勒-尤里实验和陨石里都找到过它,它也是合成多种其他氨基酸的起点。
丝氨酸(Ser):名字来自蚕丝,最早从丝胶蛋白中分离出来。
谷氨酸(Glu):味精的主要成分是谷氨酸钠,它让食物有「鲜味」。
缬氨酸(Val):镰状细胞贫血,就是血红蛋白里的一个谷氨酸被换成了缬氨酸。
鸟嘌呤(G):最早从鸟粪中分离出来,名字也由此而来。
胞嘧啶(C):和鸟嘌呤之间形成三个氢键,是碱基对里最牢固的一对。
尿嘧啶(U):RNA 特有的碱基。胞嘧啶脱去一个氨基就会变成它,默奇森陨石里也检测到了它。
亮氨酸(Leu):蛋白质里最常见的氨基酸之一,人体不能自己合成。
异亮氨酸(Ile):和亮氨酸的原子组成完全一样,只是排列不同,是一对同分异构体。
脯氨酸(Pro):侧链和主链连成一个环,像蛋白质链上的「折角」,胶原蛋白里特别多。
苏氨酸(Thr):1935 年才被发现,是 20 种标准氨基酸里最后找到的一种。
同手性(L / D):生命只用左旋氨基酸和右旋糖。默奇森陨石里的左旋氨基酸略多,暗示这种偏好可能来自太空。
磷脂(PL):一头亲水、一头疏水,在水里自动排成双层。今天所有细胞膜都由它构成。
铁硫簇(Fe–S):最古老的蛋白质辅因子之一,结构和热泉里的硫化铁矿物很像,支持生命起源于海底热泉的假说。
核酶(RNA*):有催化能力的 RNA。切赫和奥尔特曼因为发现它获得 1989 年诺贝尔化学奖。
肽(Gly-Ala):氨基酸脱水连成的短链。温泉池边反复干湿交替,就能让氨基酸自发连起来。
tRNA(tRNA):三叶草形状的小 RNA,一端认密码子,一端驮着氨基酸,是遗传密码的「翻译员」。
NAD⁺(NAD⁺):传递电子的辅酶,分子里带着一个完整的核苷酸,可能是 RNA 世界留下的遗物。
辅酶 A(CoA):代谢的中心枢纽,脂肪酸代谢和柠檬酸循环都要用它。
半胱氨酸(Cys):含硫的氨基酸,两个半胱氨酸能形成二硫键。烫头发就是打断再重组这些键。
甲硫氨酸(Met):几乎所有蛋白质的第一个氨基酸,起始密码子 AUG 编码的就是它。
组氨酸(His):酶活性中心里常见的「搬运工」,能接收和交出质子。
赖氨酸(Lys):谷物里含量较少的必需氨基酸,所以只吃谷物容易缺乏。
精氨酸(Arg):人体用它合成一氧化氮,帮助血管舒张。
天冬酰胺(Asn):1806 年从芦笋汁中分离出来,是第一个被发现的氨基酸。
谷氨酰胺(Gln):血液里含量最多的氨基酸,为免疫细胞和肠道细胞供能。
核糖体(rRNA):把信使 RNA 翻译成蛋白质的分子机器。起催化作用的是 RNA 而不是蛋白质,被看作 RNA 世界的活化石。
遗传密码(64 → 20):64 个三联密码子对应 20 种氨基酸和终止信号,几乎所有生物共用同一套密码。
蛋白质(Protein):从序列预测蛋白质结构曾是半个世纪的难题,2020 年 AlphaFold 基本解决了它。
苯丙氨酸(Phe):1961 年尼伦伯格用只含 U 的 RNA 合成出一串苯丙氨酸,破译了第一个密码子 UUU。
酪氨酸(Tyr):最早从奶酪中分离出来,名字源自希腊语的「奶酪」。
色氨酸(Trp):体积最大的标准氨基酸,人体用它合成血清素和褪黑素。
胸腺嘧啶(T):尿嘧啶加一个甲基。DNA 用它代替尿嘧啶,更容易发现并修复胞嘧啶脱氨造成的错误。
脱氧核糖(C₅H₁₀O₄):比核糖少一个氧原子,这让 DNA 比 RNA 稳定得多。
酶(E):生物催化剂。有些反应没有酶要等几千万年,有了酶只要几毫秒。
葡萄糖(C₆H₁₂O₆):光合作用的产物。人的大脑每天要消耗约 120 克葡萄糖。
纤维素((C₆H₁₀O₅)ₙ):地球上最多的有机物,由葡萄糖连成。牛羊要靠胃里的微生物才能消化它。
胶原蛋白(Col):动物体内含量最多的蛋白质,把细胞粘成组织。多细胞动物的出现可能离不开它。
几丁质((C₈H₁₃NO₅)ₙ):节肢动物外骨骼和真菌细胞壁的主要成分,是自然界第二多的多糖。
木质素(Lignin):让植物茎干变硬、能够长高。石炭纪留下大量煤炭,可能和当时的真菌还不善于分解它有关。
相关研究
这些研究和本页主题相关,但不是本页内容的直接证明。
米勒-尤里实验:一个研究生把水、甲烷、氨和氢封进烧瓶,持续放电,竟得到了组成蛋白质的氨基酸。
出处:Miller, Science 1953, "A production of amino acids under possible primitive earth conditions"
无需酶的核苷酸:找到一条更“自然”的化学路线,在原始条件下直接合成 RNA 的组件。
出处:Powner, Gerland & Sutherland, Nature 2009, "Synthesis of activated pyrimidine ribonucleotides in prebiotically plausible conditions"
太空中的氨基酸:默奇森陨石里发现了非地球来源的氨基酸,生命的原料在宇宙中可能很常见。
出处:Kvenvolden et al., Nature 1970, "Evidence for extraterrestrial amino-acids and hydrocarbons in the Murchison meteorite"
海底热泉:深海热泉周围存在不依赖阳光的生态系统,生命起源有了一个新的候选地点。
出处:Corliss et al., Science 1979, "Submarine thermal springs on the Galápagos Rift"